大阪工業大学 情報科学部 情報システム学科 宇宙物理・数理科学研究室(真貝)
計算機環境
2018/2/28 updated
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- 計算機環境について
- このマシンにだけこのソフト
- 個人で行うべき設定
- Linuxの環境設定について
- Macintoshの環境設定について
- Tips: とりあえず動画
固定IPアドレス,DHCPアドレス各31台分の他,ゼミ室周辺10mに無線LANを張っています.無線LAN名はAstrophysicsGroupです. パスワードはグループの誰かに聞いてください.
計算機環境
機種 スペック マシン名 IP末尾 OS 用途 設置場所 購入年度 備考 AirMac Base Station MathematicalSciences AirMac 無線LAN 513室 2012 AirMac Base Station AstrophysicsGroup 31 AirMac 無線LAN 1513室A 2008 I-O Data, NAS 3TB BlackHole 22 データ共有 1513室A 2010 Buffalo LS420, NAS 2TB WhiteHole 10 データ共有.bk 513室 2014 機種 スペック マシン名 IP末尾 OS 用途 設置場所 購入年度 備考 プリンタ Canon LBP3410 - 6 ドライバ Win/Mac 研究室共用 1513室B 2006 1枚3.7円 プリンタ Epson PM-T960 - 7 ドライバ Win/Mac 研究室共用 1513室B 2008 1枚20.1円 プリンタ Oki C531dn - 8 ドライバ Win/Mac 研究室共用 1513室B 2012 C12.2円,M3.0円 プリンタ Epson PX-B750F - 9 - 教員用 513室 2014 プリンタ Canon MF-722Cdw 11 ドライバ 教員用 513室 2016 機種 スペック マシン名 IP末尾 OS 用途 設置場所 購入年度 備考 PC, 特注 Core i7 6850K 3.6GHz, 64GB Newton 5 Ubuntsu 16 研究専用24 1513室 2016 PC, 特注 Core i7 3.33GHz, 24GB Landau 2 CentOS 5 研究専用24 1513室 2010 廃棄 PC, 特注 Core i7 3.33GHz, 24GB Lifshitz 3 CentOS 7 研究専用24 1513室 2010 廃棄 PC, Bakusoku-D/P45 Core 2Quad 3GHz, 8GB Einstein 21 CentOS 研究専用24 1513室A 2009 廃棄 機種 スペック マシン名 IP末尾 OS 用途 設置場所 購入年度 備考 PC, Lifebook A574/K Core i5 2.7GHz, 4GB, 320GB DHCP Win8.1 研究室共用 共用 2015 PC, Lifebook A561/C 2GB DHCP Win7 研究室共用 共用 2011 機種 スペック マシン名 IP末尾 OS 用途 設置場所 購入年度 備考 PC, ESPRIMO D587/S Core i3 3.9GHz, 4GB ---- Win 10 学生個人用 2018 PC, ESPRIMO D587/S Core i3 3.9GHz, 4GB ---- Win 10 学生個人用 2018 PC, ESPRIMO D587/S Core i3 3.9GHz, 4GB ---- Win 10 学生個人用 2018 PC, ESPRIMO D587/S Core i3 3.9GHz, 4GB ---- Win 10 学生個人用 2018 PC, ESPRIMO D587/S Core i3 3.9GHz, 4GB ---- Win 10 学生個人用 2018 PC, ESPRIMO D583/K Core i3 3.7GHz, 4GB Oppenheimer Win8.1 学生個人用 2015 PC, ESPRIMO D583/K Core i3 3.7GHz, 4GB Snyder Win8.1 学生個人用 2015 PC, ESPRIMO D583/K Core i3 3.7GHz, 4GB Kerr Win8.1 学生個人用 2015 PC, ESPRIMO D583/K Core i3 3.7GHz, 4GB Bekenstein Win8.1 学生個人用 2015 PC, ESPRIMO D583/K Core i3 3.7GHz, 4GB Kruskal Win8.1 学生個人用 2015 PC, ESPRIMO D583/K Core i3 3.7GHz, 4GB Israel Win8.1 研究室共用 2015 PC, ESPRIMO D552/H Core i3 3.4GHz, 4GB Boltzmann Win8 学生個人用 2014 PC, ESPRIMO D552/H Core i3 3.4GHz, 4GB Pascal Win8 教員用 2014 PC, ESPRIMO D552/H Core i3 3.4GHz, 4GB Coulomb Win8 学生個人用 2014 PC, ESPRIMO D552/H Core i3 3.4GHz, 4GB Huygens Win8 学生個人用 2014 PC, ESPRIMO D552/H Core i3 3.4GHz, 4GB Doppler Win8 学生個人用 2014 PC, ESPRIMO D552/H Core i3 3.4GHz, 4GB Lorentz Win8 学生個人用 2014 PC, ESPRIMO D550/B Core2 D 2.93GHz, 2GB Schwarzschild DHCP Win7/Linux 研究室共用 2011 PC, ESPRIMO D551/D Core i3 3.3GHz, 4GB Robertson -- Win7/Linux 学生個人用 2012 2017年度廃棄 PC, ESPRIMO D551/D Core i3 3.3GHz, 4GB Walker -- Win7/Linux 学生個人用 2012 2017年度廃棄 PC, ESPRIMO D550/B Core2 D 2.93GHz, 2GB Curie DHCP Win7/Linux 3年用+研究用 2011 2017年度廃棄 PC, ESPRIMO D550/B Core2 D 2.93GHz, 2GB Wheeler 30 Win7 研究室共用 1513室A 2011 引退予定 機種 スペック マシン名 IP末尾 OS 用途 設置場所 購入年度 備考 Apple, MacBookPro - DHCP MacOS 10.11 山本 2016 Apple, MacPro - 12 MacOS 10.14 Mojave 教員用 2018 Apple, MacMini 2.6GHz dual Intel Core i5, 8GB, 1TB 24 MacOS 10.10 yosemite 学生共用 1513室A 2015 Apple, MacMini 2.6GHz dual Intel Core i5, 8GB, 1TB MacMini2015 15 MacOS 10.14 Mojave 教員用 2015 Apple, MacMini Intel DHCP MacOS 10.8 学生共用 1513室A 2012 Apple, iMac iiiMac 4 MacOS 10.7 教員用 513室 2011 PC, ESPRIMO D551/D Core i3 3.3GHz, 4GB Friedman 11 Win7/Linux 教員用 2012 PC gmunu 2++local TurboLinux 10 513室 2002 廃棄 PC kmunu 2++local TurboLinux 10 513室 2002 廃棄 PC rmunu 2++local TurboLinux 10 513室 2002 廃棄 機種 スペック マシン名 IP末尾 OS 用途 設置場所 購入年度 備考 PC, FMV-7000TX gravity1-8 xx 廃棄 移籍 2010年度廃棄 PC, FMV-C600 Copernicus xx 廃棄 2003/移籍 2010年度廃棄 PC, FMV-C610 Galilei xx 廃棄 2004 2010年度廃棄 PC, FMV-S8205 - xx 513室 2005 2010年度廃棄 PC, FMV-C5200 Fermat xx IC科 2005/移管 IC科に移管 PC, FMV-C5200 Eddington xx IC科 2005 IC科に移管 PC, FMV-C5200 Friedman xx IC科 2005 IC科に移管 PC, FMV-C5200 Penrose xx IC科 2005 IC科に移管 PC, FMV-C5200 Leibnitz xx (2005/移籍) 2012年度廃棄 PC, FMV-C5200 null 2005 2012年度廃棄 PC, FMV-C5200 Hubble xx 2005 2012年度廃棄 PC, FMV-D5220 Euler xx 2006 2014年度廃棄 PC, FMV-D5220 Hamilton xx 2006 2014年度廃棄 PC, FMV-D5220 Newton xx 2006 2014年度廃棄 PC, FMV-D5220 Lagrange xx 2006 2014年度廃棄 PC, FMV-W5240 Pentium 3GHz, 3GB Tycho 19 TurboLinux Fuji 2007 2015年度廃棄 PC, FMV-W5240 Pentium 3GHz, 3GB Kepler 20 TurboLinux Fuji/WindowsXP 2007 2015年度廃棄 Apple, MacMini Intel Wheeler xx MacOS 10.4 2007 2015年度廃棄 PC, FMV-C8250 2GB xx 2008 2016年度廃棄 Apple, MacMini Intel Riemann xx MacOS 10.5 -> 10.6 2008 2016年度廃棄 Apple, MacMini Intel Weyl xx MacOS 10.5 2008 2016年度廃棄 PC, FMV-D5280 Pentium 2.5GHz, 2GB Bohr xx WinVista 2009 2016年度廃棄 PC, FMV-D5280 Pentium 2.5GHz, 2GB Planck 29 教員用 2009 2016年度廃棄 PC, FMV-D5290 Pentium 2.6GHz, 2GB Yukawa -- Win7 / Vine 2010 2016年度廃棄 PC, FMV-D5290 Pentium 2.6GHz, 2GB Tomonaga -- Win7 / Vine 2010 2016年度廃棄 PC, FMV-D5290 Pentium 2.6GHz, 2GB Nambu -- Win7 / Vine 2010 2016年度廃棄 PC, FMV-D5290 Pentium 2.6GHz, 2GB Hayashi -- Win7 / Vine 2010 2016年度廃棄 PC, ESPRIMO D551/F Core i3 3.3GHz, 4GB Schroedinger Win7/Vine 学生個人用 2013 2017年度廃棄 PC, ESPRIMO D551/F Core i3 3.3GHz, 4GB Maxwell Win7/Vine 学生個人用 2013 2017年度廃棄 PC, ESPRIMO D551/F Core i3 3.3GHz, 4GB Penrose Win7/Vine 学生個人用 2013 2017年度廃棄 PC, ESPRIMO D551/F Core i3 3.3GHz, 4GB Heisenberg Win7/Vine 学生個人用 2013 2017年度廃棄 PC, ESPRIMO D551/F Core i3 3.3GHz, 4GB Feynman Win7/Vine 学生個人用 2013 2017年度廃棄 PC, ESPRIMO D551/F Core i3 3.3GHz, 4GB Hawking Win7/Vine 学生個人用 2013 2017年度廃棄 PC, ESPRIMO D551/D Core i3 3.3GHz, 4GB Eddington -- Win7/Linux 3年用+研究用 2012 2017年度廃棄 PC, ESPRIMO D551/D Core i3 3.3GHz, 4GB Lemaitre -- Win7/Linux 学生個人用 2012 2017年度廃棄
- IPアドレスは,webでは公開しない.研究室にて確かめること.
- 学生共用としたマシン(Linux)にはすべて,情報ゼミ生・卒業研究生のアカウントが設定されています.
Windowsの場合,特に個人のアカウントは設定していません.- 学生個人用としたマシンは,卒研生/情報ゼミ生が個人のマシンとして1台づつ管理しているマシンです.
- Linux機は,他の人がバックグラウンドで計算を流している場合があるので,自分で起動させた時以外は,むやみにシャットダウンしないでください.(「セッション終了」でログオフのみ)
- 今後,順次,Linux起動可能なマシンを整備し,Linuxを中心的なOSとしたい.(本当は,Macintoshにしたい)
- すべてのWindowsマシンには,Officeソフトウェア,秀丸,platex環境, Firefox がインストールされている.
- 一部のWindowsマシンにはMathematica 4.2 がインストールされている.
- TurboLinuxマシンのインストールと設定方法についての真貝の覚え書きはここ.
ライセンスの関係で,以下のものは,以下のマシンにのみインストールしてある.
このマシンにだけこのソフト
ソフトウェア マシン名 備考 AVS/Express 7.2 Tycho KGT社 サポートページ
利用するには,.tchrcファイルの環境設定が必要です.
起動コマンドは,express -viz または express
マシンが決定したら,次の設定をしてください.
個人で行うべき設定
- マシンに付属しているCDで,ハードディスクを初期化し,OSを入れ直す.WindowsとLinuxの2ブートマシンにするなら, Windowsを先にインストールする.
- Windowsのインストール
- rootアカウントは,いざというとき,研究室の他の人が入れるように,共通パスワードを設定.
- 自分のアカウントを作り,すべての作業をすること.
- インターネット環境が使えるように設定する.DHCP接続.プロキシは自動検出.
- OSのアップデートを行う.
- 研究室内LANで,共通マシンのフォルダが見られるように設定.AstroPhysがネットワーク名.
- CanonとOKIのプリンタが使えるように,ドライバを設定する.
- MS Officeをインストールする.ポータルサイトにログインして右下のところに「MSソフトウェアインストール」マニュアルがあるので, それに従ってダウンロードしてインストールし,アクティベーションする. (Office 2013の古いインストーラは,研究室内のBlackHoleにある.)
- MS Officeをインストールする.ポータルサイトにログインすると右下のところに「MSソフトウェアインストール」マニュアルがあるので, それに従ってダウンロードしてインストールし,アクティベーションする.
- Adobe Creative Cloud をインストールする.ポータルサイトにログインすると右下のところに「Adobe Creative Cloudインストール」マニュアルがあるので, それに従う.(AcrobatやIllustratorなど,必要になってからでよい.)
- latexや秀丸もインストールした方が便利でしょう.
- Linuxのインストール
- rootアカウントは,いざというとき,研究室の他の人が入れるように,共通パスワードを設定.
- インターネット環境が使えるように設定する.DHCP接続.プロキシは自動検出.
- OSのアップデートを行う.
- プリンタが使えるように,ドライバを設定する.
- gnuplotもインストールした方が便利でしょう.
- 必要に応じて,Intel C++/ Intel Fortranもインストールしてください.大学での利用(非商用)ならば無料です.(下記参照)
Linuxの環境設定
- 共通マシンにはじめてloginした時
- パスワードを初期設定から変える.ターミナル画面を出して,
passwdをする.- webブラウザを使うときは,大学のproxy serverを設定しないと外部のページが表示されないので注意.
- メールのダウンロードの設定では,ダウンロード時に,元のサーバーのメールを消去しないようにしておくと良い.
- shellの変更
デフォルトでは,tcshにしてある.違うshellにしたければ,chshでどうぞ.- 環境設定ファイルの基本
tcshシェルは,ターミナル起動時に,.tcshrcファイルを読み込むので,そこに環境設定や,良く使う省略形のコマンドを 書き込んでおくのが良い.ただし,マシンによってファイルをいちいち作るのが面倒なので, 自分で良く使う省略形のコマンドは,別のファイルにまとめておき,.tcshrcより読み込めば良い.例えば,「ls」コマンドをいつも「ls -p」として使ったり,「ls -lt」をいつも「lt」に短縮してタイプしたいときなどは,
alias ls 'ls -p' alias l 'ls -lFlags' alias lt 'ls -lt' alias ltm 'ls -lt | more'という内容のファイルをつくり(例えば,.aliases と名付けて保存),.tcshrc ファイルの最後にsource ~/.aliasesと書き込んでおけばよい.- ソフトウェアのインストール
Linuxに関しては,必要と思われるソフトウェアは各自でインストールしてもらって構わない.特に卒業研究用の個人マシンについては, すべての管理を個人任せにするので,rootアカウントを駆使してソフトウェアのインストールを試してもらいたい.
- よく必要となるのは,C++/Fortranのコンパイラである.最近のlinuxではgccがデフォルトで入るが,パフォーマンスを上げたいのであれば, Intel社が配布しているコンパイラをインストールするのがよい.大学などの非商用ユースであれば無償である. non commercial use へ進み,必要な手続きをすればよい.
- 計算したデータをグラフにしたいときに便利なのが,gnuplotである. 最近は日本語マニュアルも充実してきた.
- おおまかなインストールの流れは,
- ダウンロードしたものを解凍・展開する.
- READMEファイルを読む.
- たいていの場合,
./configureすることでMakefileが生成される.- たいていの場合,
make installすることでインストールが実行される.- Intel C/Fortranコンパイラを使うために (マシンkepler以外のTurbolinux) 【この情報は古いので,参考程度に】
Intelコンパイラを使うときは,自分の環境で実行ファイル(icc/ifort)が 登録されるように,次のように .tcshrc (.cshrc) ファイルに書いておくと良い.# intel compilers source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/compilervars.csh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/compilervars.csh intel64あるいは,bashを使うときは,.bashrcファイルに次のように書く.# intel compilers source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/compilervars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/compilervars.sh intel64- Intel C/Fortranコンパイラを使うために (マシンkeplerのみ) 【この情報は古いので,参考程度に】
Intelコンパイラを使うときは,自分の環境で実行ファイル(icc/ifort)が 登録されるように,次のように .tcshrc ファイルに書いておくと良い.# intel compilers source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/ia32/ifortvars_ia32.csh source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/ia32/iccvars_ia32.csh11.0/083の番号は,versionを表し,version up等によって異なる場合があるので,書き直す前にls /opt/intel/Compiler/11.0/などとして,インストールされているversionを確かめてからがよい.- Intel C/Fortranコンパイラを使うために (マシンEinsteinのみ) 【この情報は古いので,参考程度に】
Intelコンパイラを使うときは,自分の環境で実行ファイル(icc/ifort)が 登録されるように,次のように .tcshrc ファイルに書いておくと良い.# intel compilers source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/intel64/ifortvars_intel64.csh source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/intel64/iccvars_intel64.csh11.0/083の番号は,versionを表し,version up等によって異なる場合があるので,書き直す前にls /opt/intel/Compiler/11.0/などとして,インストールされているversionを確かめてからがよい.- AVS/Express を使うために
以下のものを .tcshrc ファイルに書き込んでおく必要があります.ただし,xxx.xxx.xxx.19 の所は,正しいIPアドレスに 直して下さい.# ----------------------------------------- AVS/Express 200802 --->>>> setenv XP_FEATURE EXPRESS setenv XP_LICENSE_SERVER xxx.xxx.xxx.19:33333 setenv MACHINE linux #setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/express/lib/linux setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/express/lib/linux:/usr/local/express/lib/linux/missing/ #setenv LD_LIBRARY_PATH "/usr/local/express/lib/linux:/usr/local/express/lib/linux/missing/:$LD_LIBRARY_PATH" setenv PATH /usr/local/express/bin/linux:$PATH setenv XP_LANG C setenv LANG C- sshでマシンにアクセス
- ターミナル画面から,
ssh myname@machine_nameとすれば,machine_nameのLinuxマシンに,mynameのアカウントでログインできる.(当然パスワードが必要)- 研究室内のマシン同士であれば,/etc/hostsにマシン名が登録されているので,null や lagrangeなど,愛称をつけて,
ssh myname@nullなどで,この操作が可能である.- 自宅から研究室のマシンにアクセスするときは,情報センターのVPNサービスを用いて接続した後に,自宅のマシンから,
ssh myname@xxx.xxx.xxx.xxxとIPアドレスを指定すればよい.- sftpでファイル転送
ファイルを転送するときは,sftpを使える.sftp myname@machine_nameとしてログインした後に,cd や lcd で相手先や自分のディレクトリを指定した後 get filename とか put filename など.- プリンタ設定
Canon LBP3410を設定.ここから「LIPS4 Printer Driver for Linux Version 1.50」を 選び,rpmパッケージの「CUPSドライバ共通モジュール インストールパッケージ(32bit)」を選択してダウンロード.rpmパッケージをインストールし,コントロールセンターで,プリンタを新規登録.その際,プリンタ名には空白を入れない.LIPS IVをドライバとして選択.
新しくMacintoshが来たとき,研究に使うためにすべきこと.(MacOS Yosemite, 2015/7 現在)
Macintoshの環境設定 そして,ときどきメンテナンスとして,ターミナルで,
- AppStoreでOSを最新のものにする
- MacOfficeをインストールする.大学のサイトから手に入るインストーラーを使う.インストール後,アップデートして最新版にする.
- プリンタを設定する.必要ならばドライバをインストールして印刷まで確認.
- ルートパスワードを設定する.デフォルトでは設定されていないので,自分で設定する.ここ参照
- Xcodeをインストールする.AppStoreから.
そして,その後,ターミナルからxcode-select --install- MacPortsをインストールする.
そして,その後,ターミナルから ターミナルでsudo port selfupdate sudo port install nkf sudo port install gnuplot sudo port install imagemagick sudo port install gcc47 sudo port install gcc49 sudo port install xgraphとして,gnuplot,gcc などを入れる.ちなみに,こうしてインストールするgnuplotは,AquaTermを使うことになるので,3次元プロットした時に座標軸をくるくる回転できない.この 対処法は,sudo port clean gnuplot #ビルドしたディレクトリを削除 sudo port install gnuplot +x11 -aquaterm #X環境を追加、AquaTermを外す。 sudo port -f uninstall inactive- Intel Compilersをインストールする.これは有料なので,真貝にシリアル番号をたずねること.
- 教授でもできるMac OS XへのLaTeXとTeXShopのインストレーションを参考にして, MacTeX2015をインストールする.
- TeXshopをインストールする.
- Jedit X Rev.2をインストールする.(有料ソフト)
- MacPortsでインストールしたものをアップデートする.
sudo port selfupdate sudo port upgrade outdated
Tips: とりあえず動画
- とりあえず動画
計算結果で出力される数値ファイルを動画で見たいとき,プレゼンテーションにするならば,何らかのソフトウェアを使って 動画を生成することになるが,とりあえず安価で軽く済ませたいとき,次の方法がある.
- xgraphを使う
もはや開発が中止されているxgraphであるが,出力ファイルを以下のように時間ごとの(x,y)データにしておくことで, 自動で動画になるので,便利である.
"time = 0.000E+00 -0.141986E+00 -0.102413E+00 -0.133440E+00 -0.367329E+00 0.461066E-01 -0.553310E-01 0.647419E-01 0.776665E-02 0.133505E+01 -0.270139E+00 "time = 0.200E+00 0.240687E+00 -0.210997E+00 -0.247347E+00 0.320514E+00 -0.152906E+00 -0.176266E+00 -0.211736E+00 -0.199768E+00 0.111802E+01 -0.259700E+00- gnuplotを使って,gifムービーを作る.
これは,時間ごとのスナップショットファイルを生成しておき,それをgnuplotでpng形式に変換し,さらにまとめてgifに変換する方法である. 例えば,time=00.00,time00.20, .... という名前のファイルでデータを生成し,それぞれでgnuplotで加工してpngファイルを作る. gnuplotでは,set terminal png set output "fig00.00.png" plot[-6:6][-6:6]"time=00.00" with points 20 set output "fig00.20.png" plot[-6:6][-6:6]"time=00.20" with points 20とすると,fig00.00.png, fig00.20.png という図が保存されてゆく.ファイル名は時間順になるように工夫しておくと良い. あらかじめコマンドを書いたファイル gnuplot_load.txt を用意して,gnuplotで,load "gnuplot_load.txt"としても良い. pngファイルをまとめてgifにするには,convert -loop 0 -delay 10 fig*.png test01_xy.gif-loop 0 は無限繰り返し,-delay 10 は0.10 秒間隔でのコマ送りになる.
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